Bereits im Sommer 1999 hatte das Institut für Materialprüfung und -forschung GmbH im Auftrag der Stadt mit den Planungen zur Sanierung des historischen Mauerwerks begonnen. Dabei waren insbesondere die statischen Problemlösungen mit den Anforderungen des Denkmalschutzes in Einklang zu bringen. Die Bauarbeiten begannen am 23. Februar 2001 und wurden durch die Sächsische Bau GmbH, Niederlassung Chemnitz ausgeführt.

Insgesamt kostete die Sanierung des historischen Mauerwerks sowie die Sanierung und Wiederherstellung der Standsicherheit des Gotischen Tores rund 1 Mio. DM. Die Finanzierung sicherte das Förderprogramm "Städtebaulicher Denkmalschutz" im Erhaltungssatzungsgebiet "Domplatz/Südliches Stadtzentrum". Das heißt, je 40 % der Kosten wurden vom Bund und vom Land Sachsen-Anhalt getragen, die verbleibenden 20 % aus Eigenmitteln der Landeshauptstadt Magdeburg finanziert.

Während der Bauarbeiten wurden u. a. 60 m³ Natursteinmauerwerk nach alten Bestandsplänen und Befunden neu aufgebaut, 360 m² Mauerwerk instand gesetzt (Injektionen, Verankerungen durch Vernadelung und Vernagelung), rund 350 m³ Mauerwerk wurden abgebrochen und beräumt. Außerdem waren die Erneuerung von rund 1000 m² Fugen sowie Sicherungsarbeiten durch nicht vorhandene Gründungen notwendig.

Im Möllenvogteigarten wurden im Zusammenhang mit den Bauarbeiten 20 Suchschachtungen nach archäologischen Funden vorgenpommen. Hierdurch verlängerte sich der Ausführungszeitraum, da planerische und statische Anpassungen erfolgen mussten.

Nach Abschluss der Bauarbeiten ist der Bereich Möllenvogteigarten/Schlossgarten wieder für die Öffentlichkeit zugänglich, die Gestaltung der Grünanlagen erfolgt jedoch erst im kommenden Frühjahr.